Бенуа Пюга происходит из семьи потомственных военных — его отец дослужился до звания генерала-лейтенанта кавалерии и был отправлен в отставку за участие в так называемом путче генералов, в котором тот принял участие с расквартированным в Алжире 27-м драгунским полком, находившимся под его командованием[1].
1 сентября 2002 года получает звание генерала. В 2002–2010 годах служит на высших командно-штабных должностях: руководитель планово-операционного центра (2002–2004), командующий специальными операциями (2004–2007), заместитель оперативного командующего штаба армий(2007–2008), директор военной разведки (2008–2010)[2].
С 5 марта 2010 года — руководитель Особого штаба при президенте Французской Республики[3]. Бенуа Пюга занимает эту должность при двух президентах — Николя Саркози и Франсуа Олланде, который переназначает его 15 мая 2012 года[4]. 10 марта 2010 года ему присваивается звание армейского генерала[2].
