В 1578—1583 годах Андраш Батори учился в польском иезуитском коллегиуме в Пултуске. В 1581 году получил сан каноника вармийского, а в 1583 году стал пробстом в Мехуве. Продолжил своё церковное образование в Риме, в 1584 году получил сан епископа-коадъютера вармийского. В том же 1584 году получил сан кардинала. В марте 1589 года Анджей (Андраш) Баторий получил сан епископа Вармии.
В марте 1599 года трансильванский князь Сигизмунд Батори отказался от княжеского престола в пользу своего двоюродного брата, вармийского князя-епископа и кардинала Анджея Батори, ставленника Польши. 18 октября 1599 года в битве при Шелимбере Анджей Баторий потерпел поражение от армии валашскогогосподаряМихая Храброго, который оккупировал Трансильванию. Анджей Баторий лишился княжеского трона и бежал в Молдавию, но по дороге был убит секеями.